Gran Cisma

Tu casta jamas creyó en la promesa de los anillos...~Profeta de la Verdad

La Guerra Civil Covenant fue un movimiento de rebeldía que sucedio en el año 2552 y que indujo a un ataque interno entre los Separatistas Covenant y los Leales Covenant. Los Separatistas son principalmente Elites, Hunters y Grunts (se unieron en Halo 3 a los Covenants del imperio). Los Leales son los profetas, el alto concilio, Brutes, Yanme'e y Kig-yar ; finalmente se encuentra una fuerza neutra que es el Flood.
Tambien se une a la pelea el Jefe Maestro, el cual es el unico humano que vio el principio de la guerra civil. La guerra civil tuvo comienzos cuando el profeta de la verdad dio el cambio de guardia de los elites a los brutes, lo cual enfurecio a los elites creando un ambiente de guerra. Tambien se suma la recuperacion del indice para el covenant y la horrenda verdad de lo que es Halo y de lo que pudiera pasar si se activa (Sale en Halo 3). Todo esto causo la ruptura del imperio Covenant y la destrucción de la principal ciudad Covenant, Gran Caridad.

Comienzo

La guerra civil Covenant comienza durante los acontecimientos de Halo 2 tras finalizar el nivel "zona en cuarentena" y comenzar el nivel "Gravemind". El Inquisidor tras caer en un hueco, después de ser traicionado por tartarus, se encuentra en el fondo de la biblioteca, junto con el jefe maestro y con la presencia de un invitado especial: El gravemind. Tras un largo dialogo con serias diferencias entre el Inquisidor y el Jefe maestro, el gravemind decide mandar a los dos a lugares problables donde se pueda ver la verdad del gran viaje. Asi que el gravemind manda a Jonh a Gran Caridad, mientras que manda al inquisidor cerca del cuarto de control de la instalacion 05.
En una de las escenas de ese capitulo de la saga, las flotas de los separatistas covenant y los leales covenant se enfrentan alrededor de Gran Caridad; mientras en la ciudad salen los brutes peleando contra grunts en la puerta principal de la camara del concilio. Adentro se encuentra el profeta de la verdad diciendo el pesar que siente por la rebeldia, pero la alegria que tiene por haber encontrado el icono sagrado. En ese instante llega John 117, decidido a acabar con esto de una vez. Todo este movimiento comienza principalmente en el nivel "Icono Sagrado" ya que se ve a los brutes ocupando las armaduras de los elites de guardia de honor y por la decision de cambio de la guardia por orden del profeta de la Verdad por la muerte del profeta del Pesar.

La destruccion de Gran Caridad

Paralelamente a la guerra entre los Elites y el resto de las especies del Covenant, el Jefe Maestro llega a un hangar de Gran Caridad, y junto a Cortana notan a la nave de combate UNSC In Amber Clad que fue destruida en una de las paredes de la ciudad cerca del hangar. Allí Cortana recibe información acerca del choque. La nave era tripulada por Floods, los cuales eran comandados por el Gravemind que se encontraba a bordo de la nave. Al estar en Gran Caridad, el Gravemind mando

a varios Pelicans que contenian a Formas Portadoras Flood para que se encargaran de desperdigar las formas de infeccion y posteriormente mando formas combate para vencer al Covenant.

Tras toda la agitación, John consiguió entrar al sistema principal y suministro de energía de Gran Caridad: una nave Forerunner que se encontraba en el centro de la ciudad, y logró escapar. Mientras tanto, el Flood se encargo de destruir e infectar todo lo que quedo de Gran Caridad, matando a cientos de tropas Sangheili y Covenant, todo esto para que el Gravemind encontrara una "segunda base". Sintetizando, la destrucción de gran caridad se debió a que el Jefe Maestro, despues de regresar y rescatar a Cortana, acabó destruyendola por necesidad, matando a millones de Flood, y debiltando Gravemind, la destrucción de Gran Caridad fue inmediatamente antes de la segunda batalla de Alpha Halo.

Alianza Humano- Covenant

Articulo principal: Alianza Humano-Covenant

La alianza Humano-Covenant fue un movimiento desesperado de los separatistas después de perder a los grunts y casi a los hunters. Esta alianza fue comandada por el Jefe maestro, el Inquisidor Thel 'Vadam, Rtas'Vadum, el Sargento mayor Avery Junior Johnson, el almirante Lord Hood y la comandante Miranda Keyes. La alianza por supuesto que no fue bien vista por el recentimento de los humanos hacia los elites y estos ultimos no veian nada honorable esta unión, en su comienzo los humanos solo tenian dos razones para vivir: destruir al covenant y destruir al Flood. Pero gracias a las sabias palabras del Inquisidor y a la recién hecha alianza entre Johnson y el Inquisidor (Vease en el final de la mision "El gran viaje" en Halo 2) los separatistas se lograron unir a los humanos en una alianza para acabar con el Covenant y el Profeta de la Verdad, los Floods, y detener la activación del los Halos.

Sucesos finales

Los sucesos finales de la guerra civil covenant terminaron con la inminente destruccion de la sagrada ciudad covenant Gran Caridad, la cual termino completamente infectada por el Flood, mas que se estrello en el Arca, un intento del Gravemind para impedir su destruccion. La posterior activacón y destruccion de la instalacion 04(B) eliminando el flood. Tambien se puede decir la muerte del profeta de la verdad y la derrota total del covenant.

Después de la Batalla del Arca

Articulo principal: Batalla del Arca

Poco se sabe de lo que ocurrió después de la derrota del Profeta de la Verdad.Se sabe que algunos brutes comenzaron a pelear entre ellos, dividendo aun más las tropas, mientras que en la colonia cristalizada de Kholo los humanos fueron ayudados por los Sangheili para vencer a un grupo de Jackals.